På grund af af den høje scanningshastighed og det robuste pumpesystem er Pegasus HT-C også særdeles velegnet til GCxGC analyse.
Ved GCxGC er de enkelte toppe betydeligt skarpere end ved almindelig GC analyse.
Typisk eluerer en top over en 35 – 200msec, og god kvantisering kræver typisk 10 scans/top, hvilket derfor kræver at komplette scans udføres på <3,5msec, altså omkring 300scans/sec. Dette kan kun opnås med en god TOF, men i denne sammenhæng er det desuden afgørende, at softwaren kan håndtere disse data, samt at denne er robust, logisk konstrueret, og virker hver gang. Det gør ChromaTOF.